福泉古寺始建于元至正二年（1342），初名“甘霖院”，有大殿及两厢，殿后偏东有“福泉井”，早于寺开凿，中国古寺往往依水而建，依井而建，因为古时水源是建寺之本，故将其改名为福泉寺，意喻“善福之源泉”。 明嘉靖年间（1522—1366），此地处于东海沿岸，福泉古寺毁于倭乱。明万历元年（1573）重建。清乾隆四十六年（1781）再建大殿，其后嘉庆、道光年间（1796—1850）均续修。清同治元年（1862）寺毁，仅存明隆庆五年（1571）所铸古钟一口，钟高1.62米，周长3.4米，重1600公斤。寺内原有比丘尼多人，解放后陆续还俗参加社会生产活动。“文化大革命”中佛像遭毁，房屋被移作他用。1978年后落实政策归还寺产，至1993年正式归还福泉古寺使用。1997年由僧人和居士组成福泉寺管理小组，改为僧寺，边开放边修复。1998年新建大雄宝殿、山门、寮房等建筑。1999年，经南汇县人民政府批准，重新登记为佛教寺院。2002年2月新建玉佛楼。2010年再次全面整修，改山门由西向为南向，重修山门、三层天王殿，左右厢房等仿古建筑，使福泉古寺焕然一新，复兴重光。 福泉古寺有镇寺三宝，分别是隆庆钟、福泉井与宋银杏。1981年南汇县人民政府以古钟为名在福泉寺西建立公园，并特设钟亭。1986年3月，福泉寺古钟由南汇县人民政府公布为县文物保护单位。2009年2月9日，“古钟”回归福泉寺，复制品存于钟亭内供参观用 。福泉寺天王殿前原有宋植古银杏两株，现在仅有东侧一株尚存，并生长有千年，成为上海古树名木一级保护的0002号，树龄1000年，即上海现存的9棵树龄超过1000年的古银杏之一。 福泉古寺于2010年进行了彻底的整修，收回了原寺前的一片土地和厢房，将面朝文体路上的原山门拆除，改山门为南向，并重建山门。如今的山门双檐黄瓦黄墙，中央寺匾为“福泉古寺”，中门两侧对联为松江书法家杨了公先生所书楹联“盘曲种灵根七百年犹留银杏；庄严瞻妙相三千界普现金莲”，三门两侧仍保留了原门联“四朝古树、二代洪钟”。山门背面斜对千年宋银杏，中匾为“同圆种智”，对联为“千年银杏证道性，菩提万世悟禅机”，充分借助千年银杏之机引发为禅语。
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